Il esquisse aussi un projet de réunion des communes suburbaines à Lyon (Villeurbanne, Bron, Vénissieux, Saint Fons).
Mais cette idée de 1903 rencontre l’opposition des communes concernées et la méfiance de beaucoup de Lyonnais envers
une banlieue trop « rouge ».
En 1904, il est réélu.
Il est nommé gouverneur de Madagascar, en 1905, et remplacé dans ses fonctions municipales par le jeune Edouard Herriot.
Quand il en revient et se présente comme candidat aux élections municipales de 1910, il perd : le successeur - Edouard Herriot -
qu’il avait implicitement désigné, est en place…
Il est élu député cette même année. A diverses reprises, il occupe des postes ministériels jusqu’en 1914.
Battu aux élections de 1919, Augagneur est nommé en 1920 gouverneur de l’'AEF (Afrique Equatoriale Française).